Bezkręgowce w Bałtyku wchodzą w skład zooplanktonu, biernie unoszącego się w toni wodnej. W skład tej grupy wchodzą wrotki, skorupiaki, parzydełkowce. Ponadto w zooplanktonie Bałtyku licznie występują larwy wieloszczetów oraz mięczaków.
Wśród bezkręgowców fauny dennej Bałtyku dominują przedstawiciele małży (np. omułek, sercówka, rogowiec bałtycki, małgiew piaskołaz), skorupiaków (np. pąkla, kiełż, garnela, krewetka), ślimaków (np. wodożytka), wieloszczetów (np. nereida) oraz skąposzczetów. Najbardziej zróżnicowane zespoły denne spotkać można na płytkim dnie kamienistym.
Wśród bezkręgowców fauny dennej Bałtyku dominują przedstawiciele małży (np. omułek, sercówka, rogowiec bałtycki, małgiew piaskołaz), skorupiaków (np. pąkla, kiełż, garnela, krewetka), ślimaków (np. wodożytka), wieloszczetów (np. nereida) oraz skąposzczetów. Najbardziej zróżnicowane zespoły denne spotkać można na płytkim dnie kamienistym.